несколько проектов WEB API, каждый из которых имеет свой собственный файл Stratup.cs.
Каждый проект веб-API - это собственный независимый файл и приложение .exe.
Мой вопрос заключается в том, что то, что вы помещаете в разные файлы Startup.cs, объединяется с базовым файлом Startup.cs?
Они не объединяются. Нет, если, как вы говорите, они являются независимыми проектами веб-приложений.
Слияние должно или должно произойти на уровне IIS, пометив их в отдельные папки, которые являются приложениями. Они полностью независимы.
Теперь, если они НЕ являются полностью независимыми, вы не имеете права создавать проекты Web Api. Там могут быть области, в этом случае есть только ОДИН startup.cs, который все еще указывает на запуск - ОДНОГО проекта, который на самом деле является проектом веб-API.