Я бы предложил записать XML-документ в строку и сохранить его.
StringWriter sw = new StringWriter();
XmlTextWriter tx = new XmlTextWriter(sw);
doc.WriteTo(tx);
string xmlString = sw.ToString();
Затем вы можете загрузить строку XML обратно в документ XML:
XmlDocument doc = new XmlDocument();
doc.LoadXml(xmlString);
Если вам нужна дополнительная помощь, расскажите подробнее о том, как вы реализуете AJAX.
Если вам нужна помощь в деталях реализации, сообщите нам.