Поскольку это l, 1003 *, и вы проверяете на num1> = 1, l oop exexutes значение num1 = 1, а num1-- приводит к num1 = 0, в результате чего весь факториал будет равен нулю:
Scanner scan = new Scanner(System.in);
System.out.println("Enter a number ") ;
int num=scan.nextInt();
int num1 = num ;
do{
num1--;
num= num * num1;
}while(num1>=2); // changed to 2
System.out.println(num);
}