Я предполагаю, что вы хотите сбросить его после печати? Все, что вам нужно сделать, это назначить ее как любую другую переменную
System.out.println("The number of vowels is: " + VowelCount);
System.out.println("The number of consonants is: " + ConsonantCount);
ConsonantCount = 0;
VowelCount = 0;
Другой способ, которым вы могли бы пойти, это объявить ваши переменные в начале, пока l oop. Таким образом, каждый раз, когда запускается l oop, он повторно инициализирует переменные в ноль, поэтому вам даже не нужно его сбрасывать.
while (true) {
int ConsonantCount = 0;
int VowelCount = 0;
....
}