Отслеживание будет работать нормально и независимо, как если бы это были разные сайты. Каждое свойство будет отслеживать свой собственный поддомен.
Все зависит от того, чего вы хотите достичь. В этом случае по умолчанию у вас не будет информации о перемещении с одного субдомена на другой (трафик c будет прямым).