VSS имеет довольно полный набор аргументов командной строки. Лучший способ, которым я знаю, - написать командный файл по адресу:
1 - получить последнюю версию для локальной системы (предположительно, на чистой машине сборки)
2 - отправьте недавно обновленные локальные файлы на ваш FTP-сайт.