Ваши if
блоки не являются дополнением. Сделайте их дополнением, используя elif. В противном случае оператор else будет дополнен последним оператором if, именно поэтому вы получили два вывода вместо одного.
OS = input("Input Windows version ex: Windows 10: ")
if OS == "Windows 10":
print ("You meet the minimum OS requirement")
elif OS == "Windows 8.1":
print ("You meet the minimum OS requirement")
elif OS == "Windows 7":
print ("You meet the minimum OS requirement")
elif OS == "Linux":
print("This OS is not supported")
elif OS == "Mac":
print("This OS is not supported")
else:
print("Your OS does not meet the minimum requirements")