Оказывается, добавление migrate
в скрипт исправило проблему, и теперь оно работает нормально.
../vendor/bin/phinx migrate --configuration=my_config.php
Я предполагаю, что в какой-то момент он предположил, что, если вы запустили его без миграции, которую вы хотели перенести, все же позволили вам передать параметры для нее.