Не знаю, какую версию EF или .Net / Core вы используете, но попробуйте что-то вроде этого:
var regions = await (from place in Repositories.PlacesDbSet.AsQueryable()
join link in Repositories.LinkDataDbSet.AsQueryable() on place.id equals link.regionId
join obj in Repositories.MyObjectsDbSet.AsQueryable() on link.objectId equals obj.id into objsSet
select new Region
{
id = place.id,
MyObjects = objsSet
}).ToListAsync();