Если существует уже существующий Podfile.lock, в котором указаны версии всех запрошенных модулей, то нет никакой разницы.
Если не существует Podfile.lock, --repo-update
установит последнюю версию. версии доступны из ствола CocoaPods. Без опции pod install
будет устанавливать только последние версии, уже доступные локально.