Да, это было уже давно. Я написал плагин, который позволяет помечать каталоги как «производные», не находя их все (http://eclipsefrills.sourceforge.net/). Это не здорово, и вам все равно придется вручную запустить действие, чтобы оно работало, но оно может помощь.
Странно, однако, в последнее время я сам не заметил проблемы. Интересно, есть ли какая-то настройка в настройках, которая позаботится об этом сейчас.
Удачи.