Каждый элемент списка содержит более 1 ключа, поэтому вы получите больше элементов в новом списке. Это может быть обработано, как показано ниже.
for z in genre_list:
key_words=''
for key in z.split(','):
if key.strip() in categories_ids:
key_words += categories_ids[key.strip()] +','
list_new.append(key_words[:-1])
Теперь оба списка будут иметь ту же длину, что и приведенная ниже.
2 ['action, drama, thriller', 'криминал, романтика, приключения']
2 ['18, 13,11 ',' 3,1,8 ']