Вы устанавливаете его не с того канала. Выполните:
conda install -c conda-forge pygraphviz
Обновления: Windows
Похоже, что при установке pygraphviz на windows возникают проблемы. Предполагая, что graphiz установлен и добавлен в Path, который является отдельной программой (не python библиотека), эти решения могут работать
# Tom Hanks’ answer
conda install graphviz pygraphviz -c alubbock
См. Ответы SO Установка Pygraphviz на Windows