Вы можете сделать это следующим образом:
@Query(
value = "select relation_ from UserRelation relation_ where relation_.userId = :userId and relation_.itemId = :itemId",
countQuery = "select count(relation_) from UserRelation relation_ where relation_.userId = :userId and relation_.itemId = :itemId"
)
Запрос подсчета будет таким же, только с одним изменением, и это функция count()
в предложении SELECT
.