Да, это возможно, и есть разные способы сделать это;
Один из способов - использовать рунипы. Это запустит все ячейки в записной книжке.
Исходный код здесь runipy Вы также можете сохранить вывод как html отчет или записную книжку
Вы можете установить runipy с помощью pip
$ pip3 install runipy
Другой способ - использовать модуль python3 nbconvert.
Это позволит вам использовать интерактивную оболочку python. См. Официальную документацию Python здесь Выполнение записных книжек из командной строки