Я подозреваю, что это только проблема в вашей консоли журнала. Node.js использует UTF-16 для внутреннего использования, поэтому полностью поддерживаются японские символы.
Я бы предложил попробовать следующее:
const fs = require("fs");
const innerArray = { Name : 'Test', Prefecture: '東京都' }
fs.writeFileSync("test.json", JSON.stringify(innerArray), "utf8");
console.log("innerArray:", innerArray);
Затем откройте тест. json в чем-то вроде Notepad ++ , вы должны увидеть символы, отрисованные правильно.
Если я попробую этот пример в Код Visual Studio , вывод тоже будет в порядке, так как консольный или выходной шрифт поддерживает японские символы.