Как видно из примера в этого обзора "функций" Spring Boot , вы можете установить для свойства spring.messages.basename в application.properties или application.yml строку, разделенную запятой.
В этом случае:
spring.messages.basename=messages,commonmessages
РЕДАКТИРОВАТЬ: Я провел небольшое тестирование, и похоже на запись, указанная первой, имеет приоритет, то есть, если сообщения в обоих файлах с одним и тем же именем, приложение будет использовать тот, что из messages, а не тот, что из commonmessages.