В IIS6 фильтры / расширения ISAPI были аналогичны HttpModules / HttpHandlers. С точки зрения HttpModules, они не могут предоставить ту же функциональность, что и фильтры ISAPI. Одним из ограничений является то, что ресурсы, не относящиеся к ASP.NET, не имеют доступа к модулям HttpModules. Например, если ваше приложение является классическим ASP и вы хотите манипулировать входящими запросами и исходящими ответами, тогда единственным вариантом будет фильтр ISAPI.
IIS7 по-прежнему поддерживает добавление фильтров ISAPI и расширений .
В общем, время ISAPI пришло и ушло. Если вы хотите расширить функциональность веб-сервера с помощью IIS7, тогда лучше всего подойдут интерфейсы модулей и обработчиков .NET.