Если вы убьете процесс Java, Java больше не будет работать. Если вы хотите, чтобы потоки продолжали работать непрерывно, Java-программа должна оставаться активной.
Вызов такой программы с помощью ant обычно не является способом сделать это. В Unix-подобных системах вы обычно запускаете такую программу в фоновом режиме через /etc/init.d сценарии запуска. В Windows эквивалент будет запускать вашу программу как службу, хотя я не уверен в тонкостях, связанных с тем, чтобы заставить Java работать таким образом.
Если вы запускаете что-то из консоли - как насчет того, чтобы просто не убить это и свернуть консоль? Если вы запускаете его из Linux (или Cygwin), просто добавьте & в конец командной строки, и процесс будет выполняться в фоновом режиме.
Расскажите нам больше о своей среде и о том, с какими компромиссами вы готовы смириться (например, свернув миниатюрное окно консоли на панели задач), и мы поможем вам больше. На данный момент единственный определенный ответ, который я могу дать, заключается в том, что «да - Ctrl-C убьет вашу программу (как и предполагалось). Если вы хотите, чтобы она продолжала работать, не говорите, чтобы она прекратила работать». : -)