На странице manual написано:
Если в arg меньше цифр подсчета, то для оставшихся цифр будут использоваться нули.
Указанное вами значение не указывает все 64 бита. Команда binary
не может угадать, что вы хотите, и добавляет нули к концу предоставленной строки.
Редактировать:
Чтобы избежать этого, просто определите все биты в значении, которое должно быть преобразовано:
set writes 01a8000028020900