Это файлы XLS или XLSX?
для XLSX, очевидно, вы можете использовать RMS SDK для работы с зашифрованным форматом хранения XLSX.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa767782(VS.85).aspx
Глядя на это, это всего лишь спецификация, в которой почти нет примеров кода, так что удачи вам в этом.
как только у вас есть доступ к базовому XML, вы можете использовать стандартное пространство имен XML из .net или java для работы с файлом.
2003 (XLS), если вы не используете решение стороннего поставщика, которое поддерживает программный доступ (не знает о каких-либо конкретных продуктах), вам не повезло.