Я использую Collection View внутри Container View, и даже в новом проекте получился странный нижний отступ для всех элементов внутри ячейки View Collection.
Если Удаляю Embedding - отступы исчезают. Сделай Embed - вернись снова.
Абсолютно безумный :) Что с ним не так?