nbconvert
позволяет запускать записные книжки. Чтобы запустить записную книжку и заменить существующий вывод новым, вы можете использовать.
jupyter nbconvert --execute --to notebook --inplace <notebook>
Для получения дополнительных возможностей и различных подходов вы можете взглянуть на this Вы можете создать сценарий с указанными выше командами для каждой записной книжки, который должен выполнять записные книжки в последовательном порядке.
Script:
jupyter nbconvert --execute --to notebook --inplace <notebook1>
jupyter nbconvert --execute --to notebook --inplace <notebook2>
Run script.