Сначала проверьте вывод команды ниже, если она дает имена только тех контейнеров, которые вам нужно остановить
docker-compose ps | grep server | awk '{print $1}'
Если список верен, тогда выполните
docker stop $(docker-compose ps | grep server | awk '{print $1}')
PS Я не проверял вышеупомянутую команду. Дайте мне знать, если это не