Событие Page_Unload вызывается после создания страницы и вывода html. Это событие предназначено для очистки любых ресурсов, которые должны быть освобождены страницей.
Почему вы вызываете ScriptManager.RegisterStartupScript здесь?
EDIT:
См. Здесь для обзора жизненного цикла страницы ASP.Net. Это должно помочь вам определить, где разместить свой код. Скорее всего, последний раз, когда вы можете вызвать ScriptManager.RegisterStartupScript, это событие Page_PreRender.