вы можете легко справиться с этим с помощью qpdf nodejs и запустить его через exec()
установить qpdf глобально, а затем импортировать exe c из встроенного child_precess, надеюсь, это поможет var exec = require('child_process').exec;
var cmd = `qpdf --encrypt ${pass} ${pass} 40 -- ${path.join(path.dirname(__dirname),bookf.pdfUrl)} ${path.join(path.dirname(__dirname),encryptedUrl)}`;
exec(cmd, function (err){
if (err){
console.error('Error occured: ' + err);
}else{
console.log('PDF encrypted :)');
res.status(201).json({
message:result,
isNewBook:true
})