Ваш хостинг-провайдер может сделать это, потому что вы делаете это:
// $mail->isSMTP();
Закомментировав эту строку, PHPMailer возвращается к отправке через PHP функцию mail()
. Этот способ отправки отправляет через локальный почтовый сервер без какого-либо шифрования, и ваш провайдер использует этот факт для внедрения нижнего колонтитула.
Если вы используете безопасный транспорт, например, с использованием SMTP при использовании TLS для gmail ваш провайдер лишается такой возможности, потому что он не может видеть (не говоря уже о том, что он мешает) вашим сообщениям, и нижний колонтитул не появляется.
Однако вполне вероятно, что вы закомментировали эту строку, потому что ваша конфигурация SMTP не работала, и это, вероятно, связано с тем, что ваш хостинг-провайдер блокирует исходящий SMTP, что очень распространено, особенно на низком уровне.