Это возможно с помощью функции submatch()
следующим образом:
:%s/-[0-9]\+/\=submatch(0) < -100 ? -98 : submatch(0)/g
Теперь каждое число меньше -100 будет заменено на -98, а остальные останутся прежними. Обратите внимание, что это регулярное выражение будет соответствовать только отрицательным числам.