.htaccess запустится первым. Если вы посмотрите на цикл запросов Apache:
PHP - обработчик ответа. mod_rewrite выполняется при преобразовании URI, за исключением правил перезаписи в блоках .htaccess и или , которые выполняются на этапе исправления. Это связано с тем, что Apache не знает, в каком каталоге он находится (и, следовательно, в каком или .htaccess для чтения), до завершения преобразования URI.
В ответ на вопрос gabriel1836 об изображении я взял его со второго слайда этой презентации , но он изначально из книги: Написание модулей Apache на Perl и C Я настоятельно рекомендую.