Потому что Count - это макрос, а не пользовательский ресурс. Макрос является препроцессором для шаблона Cloudformation. Он берет шаблон, изменяет его и выводит новый шаблон. Затем Cloudformation продолжает создавать стек с использованием обновленного шаблона.
Когда вы удаляете стек, он удаляет все ресурсы, определенные в стеке, поэтому нет необходимости повторно вызывать макрос.
В отличие от этого пользовательский ресурс выполняется при развертывании и используется для контролировать ресурсы, которые Cloudformation не поддерживает, или реализовывать другие пользовательские логи c. Пользовательский ресурс будет вызываться при удалении стека, чтобы дать ему возможность очистить созданные им ресурсы.