Я не могу говорить о деталях на серверах Citrix. Тем не менее, с ClickOnce вы не можете сказать, где установлено приложение. Он устанавливается под профилем пользователя, без ifs, ands или buts. Одной из основных целей ClickOnce было повышение безопасности, а установка приложений в профиль делает это проще. Итак, если вы очищаете профиль, вы застряли.
Однако не могли бы вы просто развернуть приложение на сервере Citrix без ClickOnce? Большинство приложений .Net могут быть просто развернуты в xcopy, поэтому кажется, что было бы довольно легко написать несколько командных файлов, чтобы скопировать последнее развертывание на ваш сервер Citrix и пропустить ClickOnce все вместе.