По умолчанию Django дает каждой модели следующее поле:
id = models.AutoField(primary_key=True)
Если вы хотите указать настраиваемый первичный ключ, укажите primary_key = True в одном из ваших полей. Если Django увидит, что вы явно указали Field.primary_key, он не добавит столбец с автоматическим идентификатором c.
причина, по которой он показывает несколько первичных ключей, возможно, вы добавили несколько первичных ключей и их exsits на файл миграции.
Решение 1. удалите таблицы (или схемы) и файлы миграции, а затем повторите миграцию.
Решение 2. откройте файл миграции, найдите таблицу с несколькими первичными ключами затем удалите один и мигрируйте