Да, вы можете использовать SQL CE 3.5 с приложением, ориентированным на CF 2.0. Хотя сама среда IDE Studio '08 может открывать только базу данных SQL CE 3.5, созданные с ее помощью проекты могут по-прежнему ориентироваться на SQL CE 3.1 без каких-либо проблем.