Чтобы преобразовать его в плоский массив с пикселями, которые имеют три значения (R,G,B)
pixels = im.reshape( im.shape[0]*im.shape[1], im.shape[2] )
Он преобразует (271, 300, 3)
в (81300, 3)
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
image = plt.imread('im3.jpg')
im = image/255.0
print(im.shape) #(271, 300, 3)
pixels = im.reshape(im.shape[0]*im.shape[1], im.shape[2])
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
ax.scatter(pixels[:,0], pixels[:,1], pixels[:,2], c=pixels)
plt.show()