При использовании главных страниц в asp.net нет проблем с JavaScript, если вы их не создали. ;)
Во время написания javascript вы должны увидеть окончательный HTML-код, сгенерированный при обработке страницы, и работать с этим HTML-кодом, а не думать с точки зрения главной страницы или страниц содержимого. Вы можете разместить свои общие функции JavaScript на главной странице, чтобы к ним можно было получить доступ на всех страницах контента. Также я бы порекомендовал поместить весь ваш javascript во внешний файл и включить его в главную страницу. Это хорошая практика.
Если вы столкнулись с некоторыми проблемами, вы можете опубликовать конкретную проблему, и мы можем попытаться их решить.
Всего наилучшего ...