Я нашел ответ:
Point clientPos = this.PointToClient(Form.MousePosition);
Control control = this.GetChildAtPoint(clientPos);
Это должно дать базовый элемент управления, который был нажат в Форме, или нуль, если щелчок был в серой области. Поэтому нам просто нужно проверить тип элемента управления в событии открытия контекстного меню. Если это MenuStrip, ToolStrip или StatusStrip, сделайте e.Cancel = true;.