Я совсем не знаком с интерфейсами HDF, кроме C, поэтому я не могу сравнивать их для вас.
Я хотел бы отметить, что это API, который используют все остальные интерфейсы, поэтому, если вы обнаружите, что вам нужно добиться максимальной производительности, тогда C API будет лучшим.
Существует также вопрос о том, какие части API доступны для вас. Например, я изначально начал с интерфейса C ++. Некоторые API все еще были доступны только в C API. Это не проблема, когда вы используете C & C ++, но она может быть проблемой, если необходимый вам API не доступен для вас.
Сказав это, вам нужно завинтить голову в терминах объектной модели C: например. использование указателей, ручек и т. д.