Похоже, вы пытаетесь искать, используя аргумент экстента. Этот аргумент принимает только пространственные объекты, спроецированные как лонлат-проекции. Вы можете использовать аргумент region с любым пространственным объектом (sp, sf или растр).
Вот пример с вашим регионом:
library(RGISTools)
library(rgdal)
shp<-readOGR("ZipCodes_shp/ZipCodes")
plot(shp)
senres<-senSearch(startDate = as.Date("2018210", "%Y%j"),
endDate = as.Date("2018215", "%Y%j"),
platform = "Sentinel-2",
region = shp,
product = "S2MSI1C",
username="user",
password="pass")