Вы должны нарезать его и изменить его следующим образом:
smallArray = bigArray[:200]
bigArray = bigArray[200:]
print(f'bigArray sliced shape: {np.shape(bigArray)}')
print(f'smallArray shape: {np.shape(smallArray)}')
smallArray = smallArray.flatten()
print(f'smallArray flattened: {np.shape(smallArray)}')
smallArray = np.reshape(smallArray, (200,30,20))
print(f'smallArray reshaped shape: {np.shape(smallArray)}')

PD: Я не уверен, что нарезка большого массива хорошая идея, потому что тогда вы собираетесь сохранить массив меньших массивов, чтобы впоследствии изменить его, подумайте о том, чтобы оставить его и попробуйте:
smallArray = bigArray[i*200:(i+1)*200]