Согласно документации
Если ваш сканер запускается более одного раза, возможно, по расписанию, он ищет новые или измененные файлы или таблицы в вашем хранилище данных. Выходные данные сканера включают новые таблицы и разделы, найденные после предыдущего запуска.
Я предполагаю, что у него есть механизм для отслеживания изменений файла S3 с использованием даты изменения файлов.