Я смог решить эту проблему, введя профиль в POM и переместив все имена модулей в профиле. Поскольку maven не находит ни одного модуля (модулей), когда он набирает скорость, он наращивается, как и ожидалось, и тогда мой mojo исполняется. Теперь mojo, который должен работать без наличия модулей, называется следующим образом:
mvn groupId:artifactId:version:goalname
А mojo, который должен работать с модулями, называется следующим образом:
mvn groupId:artifactId:version:goalname -Pprofile_having_modules