Если вам интересны аргументы командной строки, загляните в библиотеку «argparse» https://docs.python.org/3/library/argparse.html.
Разница в .exe и обычном сценарии заключается в том, что Версии .exe (условно) могут быть перераспределены на другие системы, на которых не установлено python, но при этом можно запускать сценарий. Если вы создаете сценарий только для себя, единственным реальным преимуществом является то, что вам не нужно вводить IDE (редактор кода) каждый раз, когда вы хотите запустить код, однако, если он все еще находится в разработке, вам придется скомпилировать код каждый раз, когда вы вносите изменения, если вы хотите запустить код как исполняемый файл, что очень непрактично.
Ваша третья часть очень, очень расплывчатая. Python может быть очень универсальным, и я рекомендую вам продолжить просмотр сайта automatetheboringstuff.com, если вы заинтересованы в создании сценариев, которые могут выполнять повторяющиеся действия (хотя я настоятельно рекомендую вам не использовать сценарии злонамеренно).