В производственных средах секреты обычно хранятся в чем-то, предназначенном для хранения секретов, например, в хранилище секретов Hashicorp, Azure Key Vault или AWS Secrets Manager. Они надежно хранятся в окружении и доступны только там.
Локально разрабатывая, вы можете использовать Keybase как место для хранения ваших секретов в файлах и монтирования каталога секретов.
Просто помните, что шифрование Ваши учетные данные не имеют смысла, если вы жестко закодировали ключ дешифрования в исходном коде, что возвращает вас к тому же вопросу: где вы храните свой ключ дешифрования? Ответ; менеджер секретов / хранилища.