Если вы хотите вычислить косинусное расстояние между 2 векторами (закодированные документы), попробуйте:
from scipy import spatial
vector1 = [1, 1, 3]
vector2 = [3, 5, 1]
cosine_similarity = spatial.distance.cosine(vector1, vector2)
print(cosine_similarity)
результат:
0.43938808941861185
Вы можете применить косинусное расстояние к матрице подобия:
cosine_sim_matrix = cosine_similarity(matrix)