edit Видимо это не твое имя cookie, так что ...
Возможно, вам нужно иметь AJAX-вызов на главной странице, который пингует службу (или универсальный обработчик) в вашем веб-приложении, чтобы поддержать сеанс.
JavaScript
window.setInterval(function() {
$.get('ping.ashx?nocache=' + (new Date()).getTime(), function() {
return true;
})
}, 30000);
В универсальном обработчике обязательно добавьте интерфейс маркера IRequiresSessionState.
Возможно, имена ваших файлов cookie сеанса совпадают.
В вашем файле web.config (для одного из приложений) измените имя файла cookie сеанса.
<sessionState
mode="StateServer"
timeout="20"
cookieName="DifferentASP.NET_SessionId"