Это не типичный рабочий процесс для начинающих, поэтому нет хорошего автоматизированного подхода. Это одна из болевых точек, с которой сталкиваются Gatsby Themes, но похоже, что вы использовали этот стартер до запуска тем.
Если у вас есть отдельный репозиторий для современного клонированного стартера, вы можете сделать простая разница между двумя папками, чтобы понять, что нового:
diff -x .git -r your-blog newer-blog-starter
Оттуда вы можете просмотреть изменения и решить, что копировать вручную.
Есть и другие подходы, которые используют git, но я не думаю, что результат будет желательным, поскольку изменения вряд ли будут применяться корректно.