Вот ваш код, упрощенный и работающий
Сначала определите системы координат координат и data.frames с точками
crs193 <- "+proj=lcc +lat_1=49 +lat_2=44 +lat_0=46.5 +lon_0=3 +x_0=700000 +y_0=6600000 +ellps=GRS80 +units=m +no_defs"
wgs84 <- "+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84 +no_defs"
xyl93 <- data.frame("coord_x" = c(839500 , 830500 , 826500 , 826500 ) ,
"coord_y" = c(6458500, 6461500, 6467500, 6470500))
xy84 <- data.frame("coord_x" = c(4.7771833 , 4.6633664 , 4.6139595 , 4.6147419 ) ,
"coord_y" = c(45.2116938, 45.2404655, 45.2952272, 45.3222348))
Создайте SpatialPoints, идентифицируя столбцы в data.frame, который содержит координаты (не назначая систему координат, хотя мы также делаем это)
library(sp)
# method 1
coordinates(xyl93) <- ~ coord_x + coord_y
proj4string(xyl93) <- CRS(crs193)
# method 2
xy84 <- sp::SpatialPoints(xy84, proj4string=CRS(wgs84))
Теперь мы можем преобразовать
x <- spTransform(xy84, crs193)
coordinates(x)
# coord_x coord_y
#[1,] 839500 6458500
#[2,] 830500 6461500
#[3,] 826500 6467500
#[4,] 826500 6470500