Обычно это происходит, когда вы установили numpy в другой версии Python. Как вы используете Python3, но numpy установлен в Python2. Поэтому попробуйте переустановить numpy, указав версию Python. Попробуйте:
python3 -m pip install numpy
, это установит numpy с использованием Python3, и вы сможете использовать его в своей IDE.