Чтение большого numpy массива в виде czi-файла в python - PullRequest
0 голосов
/ 13 февраля 2020

У меня есть следующий фрагмент:

from aicspylibczi import CziFile
from pathlib import Path

pth = Path('/Volumes/USB/20x_HE.czi')
czi = CziFile(pth)

image, shp = czi.read_image(C=0, M=0)   # very slow

Параметры C и M предназначены для разбиения большого массива на маленькие numpy кусочки.

Файл 3 , 4 ГБ большой, и это занимает много времени (с 8 ГБ ОЗУ Macbook), поэтому я всегда прерываю его.

Я думаю, что это не хорошо, потому что я хочу иметь первый фрагмент массива, а не всю матрицу.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...