Вам нужно переместить строку
fig, ax = plt.subplots(figsize=(20,10))
Внутри l oop, иначе каждая итерация будет использовать один и тот же экземпляр фигуры вместо нового. Также обратите внимание, что вам нужно закрыть PDF, когда вы закончите с ним. Таким образом, код должен быть
pdf = PdfPages('alltogther.pdf')
for file in glob.glob('path*'):
fig, ax = plt.subplots(figsize=(20,10))
df_in=pd.read_csv(file)
df_d = df_in.resample('d')
df_m = df_in.resample('m')
y1=df_d['column1']
y2=df_m['column2']
plt.plot(y1,linewidth='2.5')
plt.plot(y2,linewidth='2.5')
pdf.savefig(fig)
pdf.close()
Редактировать
Полный, автономный пример:
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages
import numpy as np
pdf = PdfPages('out.pdf')
for i in range(5):
fig, ax = plt.subplots(figsize=(20, 10))
plt.plot(np.random.random(10), linestyle=None, marker='.')
pdf.savefig(fig)
pdf.close()